随着我国医药工业的迅速发展，制药废水已逐渐成为重要的污染源之一，给人类健康带来了严重的威胁。如何处理该类废水是当今环境保护的一个难题。一般制药工业废水主要包括抗生素生产废水、合成药物生产废水、中成药生产废水以及各类制剂生产过程的洗涤水和冲洗废水四大类。其废水的特点是成分复杂、有机物含量高、毒性大、色度深和含盐量高，特别是生化性很差，且间歇排放，属难处理的工业废水。下面简单阐述一下关于其中是制药工业废水处理多采用的方法：
　　1、内电解法
内电解法的原理是利用铁屑中铁与石墨组分构成微电解的负极和正极，以充入的污水为电解质溶液，在偏酸性介质中，正极产生具有强还原性的新生态氢，能还原重金属离子和有机污染物。负极生成具有还原性的亚铁离子。生成的铁离子、亚铁离子经水解、聚合形成的氢氧化物聚合体以胶体形式存在，它具有沉淀、絮凝吸附作用，能与污染物一起形成絮体、产生沉淀。应用内电解法可去除制药废水中部分色度、部分有机物，并且提高制药废水的生化处理性能，增加生物处理对有机物的去除效果。
2、厌氧生物处理
制药废水厌氧生物处理是利用厌氧微生物的代谢过程，在无需提高氧气的情况下把有机物转化为无机物和少量的细胞物质，这些无机物主要包括大量的沼气和水。这种处理方法对于低浓度有机制药废水，是一种高效省能的处理工艺；对于高浓度有机制药废水，不仅是一种省能的治理手段，而且是一种产能方式。