反渗透系统运行过程采用全自动控制，一级反渗透系统依靠中间水箱液位控制器的信号对系统制水过程进行自动控制；当中间水箱处于低液位时，系统设置的反渗透系统和预处理系统自动启动运行；当中间水箱达到高液位时，一级反渗透系统停止制水，二级反渗透启动，PH值加药装置同时启动；当终端水箱达到高液位时，二级反渗透停止，PH值加药装置同时停止，并开始对反渗透装置进行自动定时冲洗；冲洗结束后自动转为待机状态，即反渗透和预处理系统自动停机；同样，当预处理系统给水不足时或供水缺水时，系统可自动停机。
本设计具有电导率越限报警功能，当RO产品水的电导低于下限设定值时，面板指示、声音报警，同时自动启动旁路阀，使RO产品水不进入纯水箱，返至上级水箱。当电导率值降至低于下限值时，报警解除，系统正常工作运行。
一、二高压泵进出口装有低、高压保护开关。当供水量不足使高压泵入口的水压低于某设定值时，会自动发出信号停止高压泵运行，保护高压泵不在空转情况下工作。当因其它的原因误操作，使高压泵的出口压力超过某设定值时，高压泵出口高压保护开关会发出信号，系统自动切断高压泵供电，保护系统不在高压下运行。
两级高压泵出口增设电动慢开阀门，目的是为了避免启动时产生瞬间高压对元件造成冲击损坏（即水锤现象）