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氧化性杀菌灭藻剂是具有强烈氧化性的杀生剂，通常是一种强氧化剂，能够氧化微生物体内起新陈代谢作用的酶而杀灭微生物，对水中的微生物的杀生作用强烈。氧化性杀生剂对水中其它的还原性物质都能起到氧化作用，当水中存在有机物、硫化氢、亚铁离子时，会消耗掉一部分氧化性杀生剂，降低它们的杀生效果。循环冷却水系统中常用的氧化性杀生剂为含氯化合物、过氧化物、含溴化合物等具有氧化性能的化合物。



特点：杀菌速度快、成本较低，但药剂使用过程有一定安全隐患。



常用的氧化性杀菌灭藻剂有这几种：液态氯、二氧化氯（CLO2）、过氧乙酸、溴氯海因、二氯异氰尿酸钠（优氯净）、三氯异氰尿酸（强氯精）。 



非氧化性杀菌灭藻剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以致毒作用于微生物的特殊部位，因而，它不受水中还原物质的影响。非氧化性杀菌灭藻剂通常是氯酚类、季铵盐类的非氧化性化合物。非氧化性杀菌灭藻剂的杀生作用有一定的持久性，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受硫化氢、氨等还原物质的影响较小，受水中PH值影响较小。但处理费用相对氧化性杀菌灭藻剂较高，容易引起环境污染，水中的微生物易产生抗药剂型。



常用的非氧化性杀菌灭藻剂有以下几种：异噻唑啉酮、十二烷基苄基氯化铵（1227，苯扎氯铵、洁尔灭）、十二烷基二甲基苄基溴化铵（苯扎溴铵、新洁尔灭）双氯酚、二氧氰基甲烷等。