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紫外线消毒器用途广泛，在水处理中具有很高的价值，它是通过紫外线的照射，破坏及改变微生物的DNA结构，使细菌当即死亡或不能繁殖后代，达到杀菌的目的。真正具有杀菌作用的是UVC紫外线，因为C波段紫外线很易被生物体的DNA吸收，尤以253.7左右的紫外线。紫外线消毒器属于纯物理消毒方法，具有简单便捷，光谱高效，无二次污染，便于管理和实现自动化等优点，随着各种新型设计紫外线灯管的推出，紫外线杀菌的应用范围也不断在扩大
紫外线是电磁波的一种，原子中的电子从高能阶跳到低能阶时，会把多余能量以电磁波释出。在地球上所有以知的生命形式，都是以DNA及RNA作为繁殖、遗存的基础。细胞繁殖时，DNA中的长链打开，打开后每条长链长的A单元会寻找T单元连合，每条长链都可复制出与刚分离的另一条长链同样的链条，恢复原来分裂前的完整 DNA，成为新生细胞的基础。
波长在240-270nm的紫外线能打破DNA生产蛋白质及复制的能力。细菌病毒的DNA，RNA受破坏后其生产蛋白质的能力和繁殖能力均已丧失。因细菌，病毒一般生命周期很短，不能繁殖的细菌、病毒就会迅速死亡。