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箱式生物过滤器（生物过滤箱）不建议与臭氧发生器同时在循环水处理使用，因水中的残余臭氧可导致有益菌被杀死，从而使生化过滤失效。但可前置紫外线杀菌器。
在可能的情况下，水流保持缓慢及保证高溶氧十分重要！
在生物过器前端加装物理过滤设备如蛋白质分离器、微滤机等，可有效减少箱式生物过滤器的清洗频率。
家用水族缸、海洋馆、室外景观鱼池、水产养殖场、海鲜暂养池等
高密度循环水养殖中，生物过滤是去除氨氮和亚硝酸盐的重要的手段：
水产育苗中，循环水因其稳定性对孵化率的提高具有重要的作用：
